Külliyenin camii, bedesten, medrese ve kitaplık bölümü günümüzde de varlığını sürdürmektedir. Külliyenin vaktiyle kervansarayı ve imareti olduğu çeşitli kaynaklarda yer almaktadır. Rüstempaşa Külliyesi içinde en belirgin yeri tutan Rüstempaşa Camii, 1553 tarihinde Kanuni Sultan Süleyman'ın damadı Rüstem Paşa tarafından denize hâkim bir tepe üzerinde Mimar Sinan'a yaptırılmıştır.
